Хайдрих беше заместник-императорски протектор на протектората на Бохемия и Моравия. Този близък сътрудник на шефа на СС Хайнрих Химлер беше и един от най-големите организатори на Холокоста. През януари 1942 г. той председателства конференция в Ванзее, където беше решено да бъдат унищожени милиони евреи в концентрационните лагери Майданек, Аушвиц, Треблинка и др. Той беше фаворит. Историците го смятат за една от най-мрачните фигури на нацизма. Той дойде в Бохемия през 1941 г. с ясната цел да направи чехите германци. Затова той имаше подробно описание на расовия състав на жителите на протектората. „Трябва да ми се даде възможност чрез различни методи, по различни начини, да оценя цялото население по отношение на раса и националност. Дали с помощта на рентгенови лъчи, предавания в училищата или чрез расово тестване на млади хора “, каза той, когато встъпи в длъжност.
Освен това няколко военни историци се съгласяват, че Хайдрих е трябвало да установи ред в Чешката република. Затова той е екзекутирал няколко чешки генерали, което ядоса правителството в изгнание в Лондон. Това очевидно беше спусъкът за подготовка за покушението.
Операция „Антропоид“, както беше наречено убийството на Хедрих, трябваше да попречи на Хайдрих да се обръща ревностно към Холокоста и германизацията на Протектората. Следователно във Великобритания е създадено специално звено, чиято цел е да убие омразния нацист. Покушението е извършено на 27 май 1942 г. в Прага. Хайдрих почина от нараняванията си на 4 юли. След смъртта му нацистите заличават селата Лидице и Лежаки от световната карта като отмъщение.
Въпреки това няколко историци гледат на убийството положително, защото твърдят, че бащата на Холокоста е починал. "Райнхард Хайдрих беше едно от най-масовите убийци в историята на човечеството, ако не и най-масовото", каза военният историк Михал Буриан пред Mladá fronta Dnes. Според друг историк Ян Борис Улир, последствията от убийството на цивилното население са били толкова ужасни, защото чехите са били изключително важни за тях и са имали нужда да поддържат реда в тях: не се е случило.