Чарли получи треска и на врата му се появи шарка. Малкото момче се почеса по драскотина по тялото, но родителите му нямаха представа колко опасно е това. Тялото на Чарли е нападнато от месоядна бактерия, болест, известна още като некротизиращ фасциит и пет дни по-късно трябваше да бъде хоспитализиран. Бактерията причини сърдечния ритъм да бъде 227 удара в минута, врата му почерня и получи сепсис.
Лекарите трябваше да го поставят на изкуствен сън и да извършат 7-часова операция за отстраняване на мъртвите тъкани от врата му.,Лекарите не вярваха, че той ще оцелее в операцията и на практика казаха, че трябва да се сбогуваме с него. Бяхме като в транс ", каза бащата на Алън, според The Sun. Операцията премина по-добре от очакваното, но се получиха усложнения. Бъбреците му започнаха да отказват и един от белите му дробове се срина. Трябваха 12 дълги дни изкуствен сън, за да се стабилизира състоянието на Чарли. Тялото му трябваше да се напълни с много течности, които почти се удвоиха.
Въпреки че усложненията, свързани с едра шарка, са рядкост, Чарли имаше късмет, че е оцелял от инфекцията. Той имаше няколко сантиметра големи рани по врата и постоянни белези в резултат на смъртния си опит. Лекарите на родителите предупредиха, че Чари той може да има продължителни проблеми със слуха и да не може да чуе слаби звуци, което според тях се причинява от сепсис.