Както при мъжете, хипогонадизмът при жените може да бъде разделен на централно обусловен (вторичен) и първичен. 
Синдром на поликистозните яйчници това е Синдром на Stein-Leventhal причинява се от различни морфологични вариации в яйчниците (яйчниците често са големи, има много кисти на повърхността) и тяхната патологична хормонална активност. Засегнатите жени са безплодни, имат менструални нарушения, затлъстяването и хирзутизмът са често срещани.
Хирзутизъм означава прекомерно окосмяване по тялото с типично мъжко разпределение. За разлика от тях, хипертрихозата е повишена коса с женски тип разпределение, обусловена в повечето случаи расова, конститутивна или фамилна. Когато хирзутизмът е свързан със загубата на вторични женски сексуални характеристики и преобладават мъжките черти (промяна във формата, увеличаване на мускулната маса, растеж на брадите, удебеляване на гласа), се говори за вирилизация.
Хирзутизмът може да бъде причинен от заболяване на надбъбречните жлези или яйчниците. В повечето случаи обаче причината не е установена (идиопатичен хирзутизъм). Идиопатичният хирзутизъм има доброкачествен ход, обикновено не е свързан с нарушение на менструалния цикъл и е по-скоро психологически и козметичен проблем.
При жените обикновено има нарушена функция на яйчниците и други ендокринни заболявания менструално разстройство. Ако жената никога не е имала менструация, тя се нарича основна аменорея. Има няколко причини и винаги е необходим професионален преглед. Ако менструацията спре за повече от 3-4 месеца, това е така вторична аменорея. Ако кървенето е по-малко от 6 пъти годишно, се казва за олигоменореи, се нарича кървене с интервали по-малко от 21 дни полименорея. Призовава се началото на менструално кървене менархе. Ако менархето е преди 10-годишна възраст, се говори за преждевременно юношество - юношески praecox.
Хормоналното взаимодействие е необходимо условие овулация. Дори при здрави и нормално менструиращи жени някои цикли протичат без овулация (ановулаторен цикъл). Овулацията може да бъде умишлено спряна от прилагането на контрацептивни стероиди. При патологични състояния, при т.нар При левенталния синдром на Stein овулация не настъпва. Причината е недостатъчното действие на гонадотропините. Фоликулите на яйчниците се увеличават до размера на киста, но не пъпчат и овулацията не настъпва. Производството на яйчникови андрогени постепенно се увеличава. Жената е безплодна и има болезнено повишена коса (хирзутизъм).
Менопауза (климакс) е нормален процес, при който репродуктивната и постепенно хормонална активност на яйчниците спира. Ако се появи преди 40-годишна възраст, това се означава като преждевременна менопауза.