Филмът се превръща в най-касовия филм през 1986 г. Крузът проследява огромния успех на Top Gun с поредица от аплодирани критици и търговски успешни филми, включително The Color of Money (1986), с участието на Paul Newman, Rain Man (1988), с участието на Дъстин Хофман и режисьора Оливър Стоун „Роден на четвърти юли (1989), за който Круз получава номинация за Оскар и Златен глобус за най-добър актьор.
Круз се жени за актрисата Мими Роджърс през 1987 г .; двойката се развежда през 1990 г., същата година, в която Круз прави драмата за състезателните автомобили Days of Thunder с млада австралийска актриса на име Никол Кидман. Въпреки че филмът беше формулиран и относително провален сред критиците и в боксофиса, двамата главни актьори имаха истинска химия. На Бъдни вечер, 1990, Круз и Кидман се венчаха в Телурайд, Колорадо, след вихрушки ухажвания.
През 1992 г. Круз изпълнява още веднъж, че може да държи собствената си противоположност на екранна легенда - в случая неговият тежък костар е Джак Никълсън - във военната съдебна драма „Няколко добри мъже“. Деми Мур също участва. През следващите няколко години Круз направи няколко умерено добре приети филма, включително „Фирмата“ (1993) и „Интервю с вампир“ (1994), с участието на Брад Пит, преди да избухне отново през 1996 г. с два огромни хитове - $ 64 милион блокбъстър, Мисията: Невъзможна, която Круз също продуцира, и силно аплодираният Джери Макгуайър, режисиран от Камерън Кроу. За последното Круз спечели втора номинация за Оскар и втори Златен глобус за най-добър актьор.
Круз и Кидман прекарват голяма част от 1997 и 1998 г. в Англия, заснемайки широко затворени очи, еротичен трилър, който ще бъде признат за последния филм на режисьора Стенли Кубрик преди смъртта му през 1999 г. Филмът е пуснат през лятото на 1999 г. под смесени отзиви. През 1999 г. Круз се появява в аплодирания от критиката филм „Магнолия”, превръщайки се в многообсъждано изпълнение като самоуверен секс гуру, който му носи награда „Златен глобус” и номинация за Оскар за най-добър поддържащ актьор. През 2000 г. Круз участва в дългоочаквания хит "Мисия: Невъзможна 2", заедно с Антъни Хопкинс, Танди Нютон и Винг Раймс. Предстоящите проекти включват Vanilla Sky, с Камерън Диас и Пенелопе Круз, и Доклад за малцинствата, проект, режисиран от Стивън Спилбърг.
Круиз е отдаден член на Църквата на сциентологията. Той и Кидман разпределиха времето си между домовете в Лос Анджелис, Ню Йорк, Колорадо и Сидни.