През 90-те години свидетели пред следователя, който се занимаваше с кражба на секретни досиета от бившата централа на клона на ŠtB в Тренчин, свидетелстваха за сътрудничеството на Мечиар със Службата за държавна сигурност. Според всекидневника Мечиар е бил подозрителен, че след нежната революция, когато става словашки министър на вътрешните работи, е откраднал досиетата.
Предполага се, че Мечиар е доведен в ŠtB по времето, когато е бил корпоративен адвокат. Според всекидневника той е бил близък с Дубчек, символ на неуспешен опит за облекчаване на социалните условия в Чехословакия в края на 60-те години, чрез неговия приятел и зет на Дубчек Владимир Крайчи.
За сътрудничеството на Mečiar с ŠtB се спекулира от падането на комунизма в Чехословакия. Томът за Мечиар като кандидат за тайно сътрудничество с кодовото име Доктор е основан през 1985 г. От запазените документи обаче не става ясно дали Мечиар е съдействал съзнателно на тайната полиция. Според всекидневника, изброеният в категорията кандидат за тайно сътрудничество не е трябвало да знае за предполагаемото сътрудничество със Службата за държавна сигурност.
Мечиар, който вече не е активен във висшата политика, многократно е твърдял в миналото, че не е сътрудничил на Службата за държавна сигурност и че не е довел Дубчек.