Катедрата по медицинска микробиология е организационно разделена на:
Национални референтни центрове:
- NRC за грип,
- NRC за полиомиелит,
- NRC за менингококи,
- NRC за морбили, рубеола и паротидит,
- NRC за наблюдение на устойчивостта на микроорганизмите към антибиотици,
- NRC за салмонелоза,
- NRC за арбовируси и хеморагични трески.
Специализирани лаборатории:
- Лаборатория по молекулярна диагностика,
- Лаборатория за клетъчна култура,
- Лаборатория за биобезопасност за биофактори 3
Отдел за осигуряване на лабораторни и санитарни дейности
- Централна разписка за материали,
- Подготовка на културни среди и разтвори,
- Унищожаване на инфекциозен материал и подготовка на лабораторни стъклария и медицински материали за бактериология,
- Унищожаване на инфекциозен материал и подготовка на лабораторни стъклария и медицински материали за вирусология,
- Санитарна работа в лаборатории и други области на отдел LM.