Крупска продължава да пише с Ленин в затвора. Работи много, учи английски самостоятелно. Майка й Елизабет Василиевна трудно преживява ареста си и под предлог на болестта си се опитва да я освободи възможно най-скоро. Но молбите й останаха незабелязани. Тя е освободена на 12 март 1897 г., преди да бъде произнесена присъдата. Веднага след освобождението тя се присъедини към бойния съюз. Тя редовно пише на Ленин в изгнание в село Шушенское.
В края на декември 1897 г. те обявяват присъдата на Крупска: три години изгнание в провинция Уфа. Крупска подава молба до Министерството на вътрешните работи да отиде в село Шушенское, аргументирайки се, че ще се преструва, че е политическо заточение на Владимир Иджич Улянов, и поиска изгнанието да бъде намалено на две години, тъй като изгнанието на Ленин приключи в 1900 г. Тя получава Шушенски, но срокът не е съкратен. В средата на април 1898 г. Надежда, заедно с майка си Елизабет Василиевна, която решава да изтърпи изгнание с дъщеря си, отиват при Шушенко.