Различната морфологична и физиологична изменчивост и гъвкавост позволяват гъбичките да се появяват в различни екологични системи в почвата, водата, въздуха и храните.
Микромицетите (гъбичките) се използват значително в съвременните технологии при производството на лекарства, органични киселини, ензими, мастни киселини, аминокиселини, витамини и други подобни. Отделни видове микромицети намират своето приложение във фармакологичната и хранителната индустрия. Едно от най-значимите е откриването на пеницилиновия продукт от микромицета Penicillium notatum от сър Александър Флеминг през 1929 г., въвеждайки ера на антибиотици, които освобождават света от смърт до широк спектър от опасни заболявания, причинени от инфекциозни агенти.
Използване в производството на храни
Щамове от културни микромицети се използват значително в съвременните технологии при производството на ферментирали храни от растителен и животински произход. Микроскопичните влакнести гъби се използват в Азия в производството на ферментирали храни от няколко години (2000 - 7000 години). Производството на ферментирали храни в Европа и Северна Америка също е важно. Производството на сирена тип „рефорт“ е известно от римско време, а сиренето тип „Камамбер“ от 18 век. В райони на Южна Америка, Северна и Южна Африка влакнести микромицети се използват рядко за приготвяне на ферментирали продукти. Осигуряването на голямо население на Азия с протеини е много трудно.
Висок процент растителен протеин е известен като соя, който също се използва широко в тези страни. Храните на соева основа, като темпе, купичка, суфу, се обработват чрез ферментация с влакнести микроскопични гъби и се усвояват по-добре поради намаляването на подуването на захар. Разграждането на веществата, причиняващи неприятни сензорни свойства на соята (вкус и мирис) също е важно. В същото време има повишено съдържание на някои витамини от група В. Процесът на ферментация удължава микробиологичната стабилност на продукта без използването на консерванти и времето за кулинарно приготвяне се съкращава. В европейските страни използването на културни щамове на влакнести микромицети произвежда предимно сирена и месни продукти.
Синьо сирене
Според появата на гъбички, гъбичните сирена се разделят на две групи, а именно с гъбички на повърхността (те са сирена тип Камамбер) и с гъбички на пътя (сирена тип Roequefort). Penicillium camemberi (Encián, в съседните страни, така наречените Brie, Camembert и други подобни) се използва за производството на сирена от тип Camembert. Културната плесен Penicillium roequoforti се използва при производството на сирена с плесен на пътя. От тях са най-известни италианската Горгонзола, Нива и френският Рукфор.
В допълнение към производството на плесенни сирена, микромицетите се използват и за защита на повърхността на сиренето от изсъхване и от растежа на нежелана микрофлора при технологичното производство на слабо загрято сирене. Използването на култивирани микромицети е изгодно по отношение на ароматизиране на месни продукти, защита срещу атмосферен кислород и светлина, както и за предотвратяване на спонтанно формоване на месни продукти и производството на микотоксини. Традицията за производство на месни продукти с покритие от плесени е известна предимно в Италия и Унгария. Микромицетите на Botritis cinerea от своя страна спират узряването на гроздето, ускоряват изпарението на водата и по този начин увеличават съдържанието на захар в гроздето. На френски тези микромицети се наричат „la pourriture nobie“, а в Унгария „aszu“.
Отрицателно значение
Фиброзните микромицети също имат отрицателно значение в храната, което е, че те причиняват разваляне на храната. Взаимодействайки с гъбички и други микроорганизми, могат да възникнат инфекции, пренасяни с храна. Например, връзката между Penicillium и Clostridium botulinum причинява наличието на гъбички за намаляване на киселинността на храната, позволявайки на спорите на Clostridium botulinum да покълнат и да произведат (токсична отрова) ботулинов токсин.
В храната токсиногенните гъби са способни да произвеждат, при подходящи условия на температура и влажност, вторични метаболити на микотоксини, които са вредни за човешкото здраве и могат да причинят стомашно-чревни инфекции (особено при болни, възрастни хора и деца с имунни нарушения). Патогенните полски гъби от своя страна причиняват значителни икономически загуби в производството на храни от растителен произход (ръж, пшеница) и по този начин също причиняват недостиг на храни.