Генетичната лаборатория се занимава с пренатална генетична диагностика, диагностика на наследствени заболявания и генетична диагностика, свързана с онкологични заболявания.
В областта на онкологичната генетична диагностика извършваме генетичен анализ на соматични варианти при онкологични диагнози (онкохематология, колоректален рак, скрининг на рак на маточната шийка), а в областта на неонкологичната диагностика се занимаваме с диагностика и профилактика на заболявания, които имат наследствена основа включително пренатална генетична диагностика.
Онкогенетични изследвания са посочени от специалисти в областта на онкологията с цел определяне на диагнозата, проследяване на състоянието на лечението и ранно откриване на началото на рецидив при пациенти с рак.
Ние сме специализирано работно място, фокусирано върху широк спектър от онкогенетични и неонкогенетични изследвания - най-широко разпространените на настоящия пазар. Изпълняваме много от тях като единственото работно място в Словакия или Централна Европа. Тестовете са избрани да водят не само до пренатална диагностика, диагностика на нарушения на плодовитостта, но също така стана основа за лечение и наблюдение на пациенти с рак след лечение. Нашата цел е да предоставим на клиентите цялостна генетична диагностика на мъжкото и женското безплодие, което води до неговото персонализирано лечение според генетичното оборудване и нуждите на определена двойка.
NGS секвениране в онкодиагностиката
Последователността на новото поколение NGS в момента замества класическите техники за молекулярна биология за откриване на причинно-следствени мутации в тумори. Основните предимства на NGS са тестването на десетки гени едновременно, за много по-кратко време. NGS технологията е важен инструмент за скрининг на рак при високорискови индивиди. Потенциалът на NGS панелното секвениране при онкодиагностика може да се използва за бърза диагностика, превантивно проследяване на пациентите, персонализирана терапия и хирургична профилактика.
Причини за неонкологични генетични тестове са: вродени малформации или заболявания с наследственост в семейството, безплодие - откриване на причини за нарушения на плодовитостта, повтарящи се аборти, мъртво раждане, планирана бременност след онкологично лечение, семейни отношения, бременност (възраст на майките над 35 години, положителен резултат от ултразвук или биохимичен преглед, риск от повтарящи се наследствени нарушения в семейството, излагане на външни влияния - лекарства, йонизиращи лъчения и инфекциозни заболявания) и други. Ние предлагаме клинично-генетично изследване: анализ на личната и фамилната анамнеза и на двамата партньори генетична консултация в нашата генетична клиника.
Днес тя е неразделна част пренатална генетична диагноза също скрининг за генетично обусловени заболявания, като специфична група в пренаталния скрининг е неинвазивно пренатално тестване (NIPT). Medirex е регионален лидер в областта на NIPT чрез свои собствени тестове, известни като Тест TRISOMY от 2015 г. Понастоящем е възможно да изберете в портфолиото от TRISOMY тестове основни (Тест TRISOMY а TRISOMY тест XY), както и напреднали (Тест TRISOMY + а TRISOMY тест завършен) видове тестове, различаващи се в степента на изследваните хромозомни нарушения. Най-известните разстройства, вече изследвани в основния тест TRISOMY, са тризомия на хромозоми 21, 18 и 13 (причиняващи синдром на Даун, Едуардс и Патау). От друга страна, най-обширният тип тест TRISOMY test Complete осигурява цялостно сканиране на генома (съгласно техническата спецификация и по отношение на ограниченията на теста), при която се изследват десетки известни хромозомни аномалии, причиняващи повече или по-малко известни клинични синдроми.
В генетичната лаборатория изследванията се извършват на три нива - цитогенетика, флуоресцентна in situ хибридизация а молекулярна диагностика. Създали сме широк спектър от изследвания, които използваме, за да определим точната диагноза на пациента. Отделът по клинична генетика в Братислава прилага най-съвременните генетични тестове, използвайки NGS секвенсори от ново поколение от 2018 г., което позволява панелни изследвания на гени, клинична екзома или цялата екзома.
Ние предлагаме цялостна генетична диагностика за пациентите
Методологии, използвани в генетичната диагностика
ЦИТОГЕНЕТИКА -) Когато има клинична подозрение за цитогенетична аберация, ние култивираме различни видове биологични материали: околоплодна течност, хорионни въси, костен мозък, периферна кръв и тъкани. Резултатът от обработката на култивирани материали е кариотип (набор от хромозоми) на пациента, който служи за изключване на всяка хромозомна аберация в диференциалната диагноза.
FISH - флуоресценция in situ хибридизация
Магнитно разделяне на патологичните клетки - използвайки устройството MACS, ние сме в състояние да отделим патологичните плазмени клетки от целия костен мозък при множествен миелом (MM) или стволови клетки. Принципът се състои в използването на характеристики на повърхността на клетките, напр. Използва се Syndecan-1 и CD138 + положителна селекция в MM. Чрез разделяне получаваме популация от клетки от една линия. Така получените клетки могат да бъдат култивирани на цитогенетика или директно върху тях може да се извърши флуоресценция in situ хибридизация. Предимството е да се получи клетъчна суспензия с висок дял от патологични клетки, повишавайки чувствителността и специфичността на използваните методи.
М (многоцветен) -РИБА - е техника, която е полезна при идентифицирането на малки, сложни междухромозомни пренареждания и т.нар маркер на хромозоми, които не могат да бъдат открити от конвенционалната цитогенетика.
mBAND (многоцветна ЛЕНТА) РИБА - техниката е изгодна за определяне на фрактури, анализ на вътрехромозомни пренареждания и може да бъде полезна за препарати с по-къси хромозоми.
МОЛЕКУЛАРНА ДИАГНОСТИКА
масивCGH - Методът с масив-CGH (сравнителна геномна хибридизация) е чип техника. Той осигурява иновативен подход за откриване на небалансирани промени (заличавания/дублирания), чието местоположение в генома на пациента не е известно предварително. Методът е 100 пъти по-чувствителен от кариотирането и следователно премества цитогенетичната диагностика на молекулярно ниво.
- aCGH е подходящ инструмент с висока разделителна способност за откриване на субмикроскопски промени в генома,
- приложение се намира в пренаталната и постнаталната диагностика,
- допринася за изясняване на диагнозата, профилактика, прогноза, търсене на подходящо лечение и предоставя диагностична информация за пренатално генетично консултиране,
- възможност за приложение е и в случаите, когато отглеждането се провали (амниоцити),
- позволява разрешаване на неясни констатации на други PCR методи (NGS, QF-PCR, MLPA).
Мултиплексно усилване на сондата, зависимо от лигиране (MLPA) - е метод, базиран на количествен мултиплекс PCR, който се използва за откриване на относителния брой копия на конкретни последователности. Използвайки метода MLPA, е възможно да се идентифицират широк спектър от геномни промени, по-специално по-обширни делеции/дублирания в гени или хромозоми. Понастоящем се предлагат голям брой комплекти MLPA за диагностика на различни генетични заболявания. Използва се като скринингова диагностика за синдроми на микроделеция и също така намери огромно приложение при хематологични злокачествени заболявания.
Фиг. MLPA анализ - откриване на двойна тризомия на хромозоми X и 18.
QF-PCR (количествена флуоресцентна полимеразна верижна реакция)
Методът QF-PCR е подходящ за бързо пренатално откриване на най-често срещаните анеуплоидии (хромозоми 13, 18 и 21) и за откриване на пол (X, Y) без предварително култивиране на околоплодни течности (PV) клетки. Принципът на метода е разпространението на специфични ДНК последователности (STR тандемни повторения) с помощта на флуоресцентно маркирани праймери. STR - силно полиморфни, късо тандемни повтарящи се маркери, специфични за всяка хромозома. Методът QF-PCR се основава на сравняване на интензитета на флуоресцентни сигнали, получени чрез разпространение на STR ДНК на двойка специфични хромозоми. Определят се съотношението и броят, в които всяка двойка и полови хромозоми се срещат във феталния геном. Флуоресцентният сигнал (пик) показва индивидуалните алели на индивида. Сравнявайки височината (оценявайки съотношението на площта на пика), получаваме информация за броя на хромозомите. Предимството на QF-PCR е способността да се открие майчино замърсяване в PV проба и също така да се демонстрира бащинство, еднородна дисомия и дори да се определи зигозността на близнаците.
Фиг. Електрофоретограма мултиплекс QF-PCR на специфични хромозоми
Мониторинг на нивото на BCR-ABL синтезен ген: целта е да се осигури качествена диагностика за проследяване на дълбокия молекулярен отговор на пациенти с ХМЛ (хронична миелоцитна левкемия. Само 2 лаборатории (Medirex as и NOU) в Словакия са получили конверсионен фактор (CF), който се използва за отчитане на резултатите от в международен мащаб.
Ние правим цялостна диагностика на пациенти с ХМЛ:
- Диагностично изследване на гена BCR-ABL чрез мултиплекс PCR (определяне на 8 вида BCR-ABL- прекъсвания (b2a2, b3a2, e1a2, c3a2, b1a1, b3a3, b2a3, a1a3).
- Молекулярно наблюдение на BCR-ABL транскрипт (акредитиран).
- Откриване на мутации в киназния домен на BCR-ABL.
Фармакогеномични тестове: Фармакогеномичните тестове се използват за тестване на индивидуална чувствителност към специфично лечение. Някои хора може да се нуждаят от по-високи дози, за да бъдат ефективни, докато други могат да имат странични ефекти от нормалните дози лекарства. Medirex предлага няколко фармакогеномични теста от 1 декември 2013 г. (5FU, CYP2D6, TPMT, IL-6).