Територията на геопарка Браниско е включена в две различни геоморфологични единици, които формират уникална среда от района по геоложка структура. Тази област се състои от две основни геоложки формации. Единият е образуването на Вътрешнокарпатския палеоген от планинската верига Бачуреш, а другият е кристалният, палеозойския и мезозойския комплекси на Татраните и северната вепорист на планинската верига Браниско.
Северозападната част на резервираната зона е изградена от образуванията на Вътрешнокарпатския палеоген, който е образуван от пясъчници в преобладаването на не-варовити глинести камъни от свитата Белопоток. Пясъчниците от такава формация се състоят главно от карантии, аркози и спорадично от варовикови пясъчници. Те създават пейки с дебелина 50 - 200 см. Покритията на Mn и Fe оксиди често се появяват върху слоести повърхности и пукнатини. Останките от конгломерат флиш, който е конгломерат и пясъчник, са разположени в западната част и достигат максимална дебелина 150 m.
