елементи
абстрактно
Промените в броя на геномните копия (CNV) са силно включени като важни генетични фактори за затлъстяването. Неотдавнашно проучване за асоцииране на генома идентифицира нов вариант на rs12444979, който е в силно свързващ дисбаланс с CNV 16p12.3, за връзка със затлъстяването при европейците. Целта на това проучване беше директно да се изследва връзката между CNV 16p12.3 и фенотипите на затлъстяването, включително индекса на телесна маса (BMI) и телесните мазнини.
Субектите са мултиетническа извадка, включваща 2286 несвързани субекта от европейското население и 1627 несвързани субекти от хан от китайското население. Теглото на телесните мазнини се измерва чрез двойна рентгенова абсорбция.
резултатите:
Използвайки Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0, директно открихме CNV 16p12.3 с честота на изтриване 27, 26 респ. 0, 8% в европейското и китайското население. Потвърдихме значителна връзка между тази CNV и затлъстяването (ИТМ: P = 1, 38 × 10 -2; маса на телесните мазнини: P = 2, 13 × 10 −3) в европейската популация. По-малкият брой копия е свързан с по-нисък ИТМ и тегло на телесните мазнини, а степента на ефекта се оценява на 0,62 (ИТМ) и 1,41 (телесното тегло). Въпреки това не наблюдавахме значителен сигнал за асоцииране за китайското население и честотите на това изтриване на CNV са доста различни между европейските и китайските популации (P 1, 2). Наследството е оценено на 40-70% 3, 4 телесна маса Индексът (ИТМ) е най-широко използваният фенотип за оценка на затлъстяването поради лекота на измерване. В допълнение към ИТМ, телесната мастна маса може да се използва и като допълващ фенотип за характеризиране на затлъстяването. Детерминантите на тези фенотипове могат да доведат до по-добро разбиране на патогенезата на затлъстяването.
резултатът
Маса в пълен размер
Маса в пълен размер
Фенотипни разлики за CNV 16p12.3 в европейската проба.
Изображение в пълен размер
За китайската извадка установихме, че честотата на това изтриване на CNV е различна от честотата в европейската проба (P 2-тест). Открихме само 13 индивида (0,8%) с хетерозиготна делеция. Повечето субекти са от див тип с две номера на копие (99,2%). Не открихме значителна връзка между този CNV и ИТМ и теглото на телесните мазнини (Таблица 2). За маркирането SNP rs12444979 в китайската проба няма полиморфизъм.
дискусия
Неотдавнашен мащабен GWAS идентифицира нов вариант, rs12444979, който е в силно свързващ дисбаланс с CNV 16p12.3, за връзка със затлъстяването. 18 Алелът на делеция е определен като T алел rs12444979 с честота на алелите 0, 13. Това проучване предоставя косвени доказателства за връзка между CNV 16p12.3 и затлъстяването, тъй като идентификацията на CNV се основава на етикетирането на SNP. В нашето проучване ние успешно открихме CNV 16p12.3, използвайки Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0, който е предназначен да открива често срещани CNV и директно потвърждава значителна връзка между този фенотип на CNV и затлъстяването в европейската популация. Нашите резултати демонстрираха валидността на първоначалната находка и допълнително подкрепиха потенциалния принос на CNV 16p12.3 към патогенезата на затлъстяването.