Конъли и Бетани се запознават по време на снимките на „Чистата душа“ (2001) и се женят през 2003 г. в Шотландия. През същата година се ражда синът им Стелан, когото двойката кръсти на шведския актьор Стелан Скарсгард. 40-годишният родом от планината Катскил има и 13-годишен син Кай от предишна връзка с фотографа Дейвид Дуган.
"Родителството промени начина, по който правя каквото и да е. Най-важното за мен е да поддържам децата си в безопасност и щастие", каза Конъли през декември, обявявайки, че очаква друго дете.