През 2005 г. последният опонент на Рафаел Надал в първия триумф на Испания на Големия шлем Ролан Гарос, малко след това той имаше положителна находка за стимулант етилефрин.
Пуерта вече имаше допинг история и беше заплашен от десетгодишна дистанция. Той обаче се защити с твърдението, че забраненото вещество е влязло в тялото му по погрешка, когато пие от чаша вода, в която съпругата му има лекарства за менструални болки. Спортният арбитражен съд (CAS) намали присъдата му на две години.
"Това обяснение беше лъжа. Но не получих никакво спортно предимство, просто не исках хората вече да ме възприемат като измамник." 41-годишният аржентинец каза пред La Nacion. Всъщност по това време той приема хранителна добавка с кофеин и женшен, която също съдържа следи от етилефрин: "Не можахме да направим нищо по въпроса, защото не купихме хапчетата, както бих казал, законно. Адвокатите ми ме посъветваха да скрия какво наистина се е случило."
Новата версия на събитията беше поставена под въпрос от бившия треньор на Пуерт Андрес Шнайтер. "Попитах го за какво става въпрос и той ми каза, че не знае. Знаех, че лъже. Отговорът му не ми се стори честен, мислех, че му е харесало небрежно." Шнайтер каза пред Франс прес. Пуерта се завърна след изтичането му през 2007 г., като завърши кариерата си две години по-късно.